show() 는 원하는 대상 숨겨진 것을 보여 줄 때 사용하게 되고,
hide()는 원하는 대상을 숨길 때 사용하게 됩니다.

Css 에서의 display: block; , display: none; 과 같습니다.

$(document).ready(function(){
 $("p").hide();
 $("div").show();
});

이렇게 사용이 되어져 있다면 CSS에서 적용한 사항들과 반대로 jQuery 로 처리한 사항이 반영 되게 될 것 입니다.
이유는 hide() 속성은 inline style 속성을 가지게되어 <p style="display: none;">사라짐</p> 이렇게 변경 되어지며,
div 속성은 show()의 영향을 받아 <div style="display: block;">보여짐</div> 로 변경되어 집니다.

jQuery의 요소중에는 Css와 밀첩한 관계를 가지고 있는 것이 많습니다.
그렇기 때문에 jQuery 사용전 CSS에서 처리 가능한 것들은 처리 해두고 사용하는 것이 좋습니다.